Этот термин появился в начале 19 века, сначала в жандармерии, а потом и в других государственных ведомствах Российской Империи. Дело в том, что в списках "неблагонадежных" в Отдельном Жандармском Корпусе (Губернские Жандармские Управления и Отделения), писавшихся чернилами, заметки ставились графитовым карандашом, чтобы, при необходимости их можно было бы просто стереть. Отсюда и пошло выражение "взять на карандаш". То есть в человеке или каком-то действии есть сомнение. Подтвердится - тогда в список или доклад чернилами, а нет, тогда стереть и никто не узнает. То есть синоним - подозрение, но не имеющее доказательств.